Sự bất thường đó có thể kín đáo, không bộc lộ rõ. Do vậy phần lớn các loại thuốc hiện nay đều được khuyến cáo cần dùng thận trọng hoặc chống chỉ định cho phụ nữ mang thai. Tác dụng độc của thuốc đối với thai rất có thể xảy ra ở bất kỳ giai đoạn nào của thai kỳ, nhưng thường gặp nhất trong 3 tháng đầu, tuy nhiên còn phụ thuộc liều dùng của thuốc, tuổi của thai nhi và có sự hiệp đồng giữa các loại thuốc trong quá trình trị liệu. Vì vậy, phụ nữ mang thai cần biết những loại kháng sinh nào không nên dùng để tránh trong quá trình mang thai.

Nhóm không thể dùng (chống chỉ định) gồm có phenicol (gây suy tủy, giảm bạch cầu, "hội chứng xám ở trẻ em"), tetracycline (gây vàng răng ở trẻ em...), aminoglycosid như gentamycin, streptomycin... (gây điếc vì thuốc có khả năng xâm nhập rất nhanh qua hàng rào rau thai đồng thời phá hủy thần kinh thính giác của thai nhi , gây điếc bẩm sinh). 

Tetracyclin khi sử dụng ở phụ nữ mang thai sau 15 tuần có thể gắn vào xương và răng làm răng biến màu vàng nâu và chậm phát triển các xương dài... Trimethoprim cũng có liên quan với nguy cơ gây dị dạng thai được sử dụng ở những thai phụ khi cơ thể người mẹ bị thiếu hụt acid folic. Nhóm thuốc quinolon như ciprofloxacin, norfloxacin, pefloxacin... (gây tổn thương như thoái hóa khớp cụ thể là có những bằng chứng cho thấy chúng có thể phá hủy sụn tiếp của thai ở động vật thí nghiệm)... Trên đây là một trong số các thuốc kháng sinh cần được tránh sử dụng cho phụ nữ mang thai.